2005年3月28日，在国务院关于深化农村信用社改革的金融方针指引下，经云南省委、省政府和中国银监会批准，云南省农村信用社联合社正式成立。省联社受省委委托，对全省农信社党的工作实行“垂直领导、统一管理”，受省政府委托，履行对全省农信社“管理、指导、协调、服务”职能。

目前，全省农信社形成了以省联社为核心、2个市联社、14个州市办事处、98个县级联社、3个农合行、29个农商行为一体的三级法人体系。截至2017年末，全省农村信用社（含农村合作银行、农村商业银行）存款余额7855亿元，贷款余额5177亿元，营业网点2335个，自助设备13800余台，金融服务覆盖城乡，经营规模稳居全省金融机构首位。